【機關組織沿革】
一、日據時期：
臺灣戶籍始自日據時期（1906年）建置，分為本籍人口及寄留人口，設有戶口調查簿、正、副簿，分別由警察辦理戶口調查，戶口登記由鄉、鎮保甲事務所書記辦理。
二、光復初期：
民國20年12月12日公布我國戶籍法。民國35年在臺灣施行戶籍法施行細則，由民政機關主管戶籍登記業務。各區戶政業務依35年2月8日臺灣省行政長官公署頒布之區公所組織規程規定，由區長指派人員專責辦理。至35年8月區公所始設戶籍室掌理戶籍事項。迨至40年1月17日依公布之臺灣省鄉鎮區公所組織通則，戶政業務改劃由民政課掌理，另區公所置戶籍主任1人，由區長兼任；副主任1人，由民政課長兼任，嗣至48年7月4日依修正之臺灣省各省轄市區公所組織通則，區公所設戶籍課，掌理戶籍登記、國民身分證、國籍、印鑑及其他有關戶籍事項。
三、戶警合一、改隸時期：
民國58年，中央基於戡亂時期嚴密戶口管理，配合治安需要，試辦實施戶警合一制度，經修正戶籍法暨其施行細則，自62年正式將戶政業務由民政單位劃歸警察機關主管，並將區公所之戶籍課改為戶政事務所，隸屬高雄縣政府警察局，其機關名稱即為高雄縣政府警察局旗山鎮戶政事務所。因76年解嚴，為配合動員戡亂時期終止及因應實際業務需要，於81年7月1日戶警正式分立，戶政業務改由民政單位掌理，戶政事務所改隸高雄縣政府民政處，所稱即改為高雄縣旗山鎮戶政事務所，並於80年借用旗山鎮大徳里辧公處辧公，後於82年遷至旗山鎮公所福利中心(現址)。
四、民國74 -81年戶政業務電腦化試辦階段：
民國81年7月1日起戶政業務歸由民政單位掌理。
五、民國82-86年戶政電腦化推廣全面展開推廣作業，分四年三階段推廣完成：
- 民國82年7月起至84年6月止：內政部、台北市、高雄市計54個戶役政單位，人口為407萬。
- 民國83年7月起至85年6月止：台灣省政府、基隆市、台北縣、桃園縣、新竹市、台中市、台中縣、雲林縣、屏東縣、嘉義縣、高雄縣等計383個戶役政單位，人口為1,098萬。
- 民國84年7月起至86年6月止：福建省政府、新竹縣、苗栗縣、彰化縣、南投縣、嘉義市、台南市、台南縣、花蓮縣、台東縣、澎湖縣、金門縣、連江縣等計361個戶役政單位，人口約607萬。
六、戶政資訊系統電腦化自86年10月1日起全國連線作業。
七、民國99年12月25日配合高雄縣、市合併，本所名稱變更為「高雄市旗山區戶政事務所」。
八、民國106年12月25日高雄市戶政事務所進行組織整併：
原旗山區戶政事務所、內門區戶政事務所、杉林區戶政事務所、甲仙區戶政事務所整併為「旗山戶政事務所」，名稱為所本部、內門辦公處、杉林辦公處及甲仙辦公處。
九、民國109年3月23日高雄市戶政事務所大規模進行組織整併，由原33所整併為18所：
本次原那瑪夏區戶政事務所併入本所，名稱為那瑪夏辦公處；本所增設戶籍登記課及戶籍行政課。自此，本所轄管旗山、內門、杉林、甲仙、那瑪夏等5區，為本市轄管最多行政區域之戶政事務所。
【戶政大事紀】
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年度
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事項
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西元
1906年
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臺灣戶籍始自明治三十九年建制，分為本籍人口及寄留人口，設有戶口調查簿、正、副簿，分別由警察辦理戶口調查，戶口登記由鄉、鎮保甲事務所書記辦理。
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民國
20年
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12月戶籍法公布。
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34年
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10月光復初期，戶政沿用日據時期規定，由警察機關接辦。
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35年
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1月3日國民政府公布修正戶籍法，戶政工作劃歸民政機關辦理。
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2月8日臺灣省行政長官公署頒布之鄉鎮公所組織規程規定，由鎮長指派人員專責辦理。
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6月21日行政院發布修正戶籍法施行細則。
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8月鎮公所設戶籍室掌理戶籍事項。
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36年
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7月首次辦理臺灣省各縣市國民身分證核發作業。
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40年
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1月17日依公布之臺灣省鄉鎮區公所組織通則， 戶政業務改劃由民政課掌理，另公所置戶籍主任1人，由鎮長兼任；副主任1人，由民政課長兼任。
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43年
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5月第1次全面換發國民身分證，實施戶籍登記新程序，奠定戶政基礎，民政機關主管戶籍行政、辦理內勤登記工作，警察機關辦理戶口查察，管理外勤異動工作。
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48年
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7月4日依修正之 臺灣省各省轄市區公所組織通則，鎮公所設戶籍課，掌理戶籍登記、國民身分證、國籍、印鑑及其他有關戶籍事項。
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54年
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4月起第二次全面換發國民身份證。
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58年
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基於戡亂時期嚴密戶口管理，配合治安需要，試辦實施戶警合一制度。
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62年
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修正戶籍法，使戶警合一制度有明確法律依據，戶政業務由民政單位劃歸警察機關主管，並將鎮公所之戶籍課改為戶政事務所，隸屬高雄縣政府警察局，正式名稱為高雄縣政府警察局旗山鎮戶政事務所。
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64年
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10月起第三次全面換發國民身份證。
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75年
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1月起第四次全面換發國民身份證。
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80年
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5月旗山鎮戶政事務所借用鎮公所大徳里辧公處辧公。
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81年
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7月1日起戶警正式分立，戶政業務歸由民政單位掌理。
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82年
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7月起戶政電腦化推廣全面展開推廣作業，分四年三階段推廣完成。
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9月遷至旗山鎮公所福利中心(現址)。
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86年
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戶政資訊系統電腦化自10月1日起全國連線作業。
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92年
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4月開始受理自然人憑證IC卡核發業務。
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8月開辦英文謄本申辦業務。
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93年
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2月開辦「認領、收養、出生地等戶籍登記」、「國民身分證換證」、「戶口名簿補、換領」等異地受理項目。
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3月辦理第11任總統副總統選舉暨全國性公民投票。
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12月辦理第6屆立法委員選舉選務工作。
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94年
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3月「戶籍資料數位化系統」正式上線。
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12月21日起辦理全面換發國民身分證業務，新增21種防偽功能。
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97年
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5月23日結婚登記制施行，開辦預約「假日受理結婚登記」。
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99年
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3月起提供代尋親友服務。
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7月日據時期戶籍謄本全面上線開放異地申辦。
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12月25日配合高雄縣、市合併，本所名稱變更為高雄市旗山區戶政事務所。
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100年
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7月1日起，戶所全面開辦「護照親辦人別確認」作業。
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101年
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3月24日起開放24小時申辦電子戶籍謄本。
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102年
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11月11日結離婚登記開放異地辦理。
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103年
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2月5日新一代戶役政資訊系統全面上線，實施新式戶口名簿。
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5月20日起辦理「新生嬰兒通報登記投保單一窗口作業」
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7月1日開放國民身分證異地辦理及「身分資料變更換發健保卡作業」
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104年
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7月1日起辦理「跨機關申辦健保卡換(補)發服務」
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105年
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7月開放民眾得向全國任一戶所申請英文戶籍謄本
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106年
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1月5日起「戶籍登記申請書數位化系統」上線，檔存戶籍資料由傳統人工查找改為數位化系統調閱，並逐年回溯將戶籍登記申請書掃描建立數位檔案。
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12月25日旗山區戶政事務所、內門區戶政事務所、杉林區戶政事務所、甲仙區戶政事務所整併為旗山戶政事務所。
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109年
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3月23日高雄市戶政事務所進行組織整併，由原33所整併為18所，其中那瑪夏區戶政事務所併入本所，本所增設戶籍登記課及戶籍行政課。
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7月1日起全國戶政事務所「綠色櫃檯文件電子化」服務上線，戶籍登記申請書採無紙化作業。
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8月11日起全國戶政事務所開始「首次申請護照親辦一處收件全程服務」
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